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PCR反應(yīng)RNA質(zhì)量檢測(cè)過程
RNA質(zhì)量檢測(cè)過程:
1. 紫外吸收法測(cè)定
先用稀釋用的TE溶液將分光光度計(jì)調(diào)零。然后取少量RNA溶液用TE稀釋(1:100)后,讀取其在分光光度計(jì)260nm和280nm處的吸收值,測(cè)定RNA溶液 濃度和純度。
(1)濃度測(cè)定
A260下讀值為1表示40 ug RNA/ml。樣品RNA濃度(μg/ml)計(jì)算公式為:A260 x 稀釋倍數(shù) x 40 ug/ml。具體計(jì)算如下:
RNA溶于40 ul DEPC水中,取5 ul,1:100稀釋至495 ul的TE中,測(cè)得A260 = 0.21
RNA 濃度= 0.21 x 100 x 40 ug/ml = 840 ug/ml 或 0.84 ug/ul
取5 ul用來測(cè)量以后,剩余樣品RNA為35 ul,剩余RNA總量為:
35 ul x 0.84 ug/ul = 29.4 ug
(2)純度檢測(cè)
RNA溶液的A260/A280的比值即為RNA純度,比值范圍1.8到2.1。
2. 變性瓊脂糖凝膠電泳測(cè)定
(1)制膠
1 g瓊脂糖溶于72 ml水中,冷卻至60℃,10 ml的10 x MOPS電泳緩沖液和18 ml的37% 甲醛溶液(12.3 M)。
10x MOPS電泳緩沖液
濃度 成分
0.4 M MOPS,pH 7.0
0.1 M 乙酸鈉
0.01 M EDTA
灌制凝膠板,預(yù)留加樣孔至少可以加入25 μl溶液。膠凝后取下梳子,將凝膠板放入電泳槽內(nèi),加足量的1xMOPS電泳緩沖液至覆蓋膠面幾個(gè)毫米。
(2)準(zhǔn)備RNA樣品
取3 ugRNA,加3倍體積的甲醛上樣染液,加EB于甲醛上樣染液中至終濃度為10 ug/ml。加熱至70℃孵育15分鐘使樣品變性。
(3)電泳
上樣前凝膠須預(yù)電泳5 min,隨后將樣品加入上樣孔。5-6 V/cm電壓下2 h,電泳至溴酚蘭指示劑進(jìn)膠至少2-3 cm。
(4)紫外透射光下觀察并拍照
28S和18S核糖體RNA的帶非常亮而濃(其大小決定于用于抽提RNA的物種類型),上面一條帶的密度大約是下面一條帶的2倍。還有可能觀察到一個(gè)更小稍微擴(kuò)散的帶,它由低分子量的RNA(tRNA和5S核糖體RNA)組成。在18S和28S核糖體帶之間可以看到一片彌散的EB染色物質(zhì),可能是由mRNA和其它異型RNA組成。RNA制備過程中如果出現(xiàn)DNA污染,將會(huì)在28S核糖體RNA帶的上面出現(xiàn),即更高分子量的彌散遷移物質(zhì)或者帶,RNA的降解表現(xiàn)為核糖體RNA帶的彌散。用數(shù)碼照相機(jī)拍下電泳結(jié)果。